已吸收巨量人类灵魂的奥利哈刚之神已到复活边缘，只需再吸收被选中的三名决斗者──无名法老王（即暗游戏）、海马濑人及城之内克也的灵魂即可完全复活。
不料达姿在决斗中败给了唤醒传说中的三骑士的法老王，致使奥利哈刚之神只能以达姿之魂作为替代而复活。
游戏、海马、城之内3人来到了巨大城市亚特兰蒂斯上，以奥利哈刚之神为对手，召唤出各自的决斗怪兽。
但三人加起来的力量都不是‘奥利哈刚之神’的对手。
就在这时天空上突然出现了极光，从极光中出现了许多光球，光球里的是决斗怪兽（精灵）。
带领他们的是上次见过的神秘少女霸王和黑魔导少女。
“各位，现在正是集合我们的力量帮助主人（Master），听从霸王大人的指挥。”黑魔导少女发言。
“上！”仅仅一个字，精灵们都按照霸王事先预定好的战术开始进行了攻击。霸王与上次见面时的服饰稍有不同，披着漆黑的披风。
在游戏他们和众精灵攻击下外型类似大海蛇，体格巨大的奥利哈刚之神依旧完好无损。
复活后的奥利哈刚之神，在达姿指挥下与三名被选中的决斗者战斗，从身体触角放出的能源切片，先后轻松击败三人的青眼究极龙、黑色魔术师、混沌战士、磁石战士巴基利欧、XYZ龙加农、人造人电子索加、传说三骑士等强力怪兽及神秘少女霸王和黑魔术师女孩率领的精灵界。
精灵界那边由霸王一人的力量使出防护罩保护黑魔导少女他们。
奥利哈刚之神趁机身体上伸出触手把游戏三人缠绕起来拉入体内。
“这下我的神终于可以完全复活了。”
“那可不一定，达姿。”
“你说什么。嗯！”达姿看着霸王，突然感觉到了什么。
从奥利哈刚之神的身体上冒出一缕缕的光芒都汇聚到了还未沉入奥利哈刚之神身体里游戏手臂上的决斗盘上。
“那个是、对了！主人的卡组还没......”
“黑魔导少女！就是现在！”
“嗯！大家！”听从霸王的指挥，黑魔导少女带领精灵们化作光芒飞入到决斗盘里。
无名法老王唤醒了被吸收的灵魂心中的光明面并借助整个精灵界的力量，以法老王的名义使三幻神复活。
游戏等人也从奥利哈刚之神的身体出来了。
接下来是神与神之战。
奥利哈刚之神在与三幻神的战斗中败北，失去所有吸收的灵魂沉于大海，坠入海底后失去了所有人类的灵魂而变成一条黑蛇（奥利哈刚之神本体），但本体未亡依旧想对付武藤游戏等人，再次向暗游戏发动攻击。
无名法老王借助达姿的解释了解到奥利哈刚之神的本体实为人类和星球的阴暗面，因此选择了将奥利哈刚之神本体吸入自己体内，并利用心之容器将其彻底封印并且净化。本书首发来自，第一时间看正版内容！
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